Евгений Шатунов, так портировали игру - это по сути заменили движок. И оно так и так выходит, что игровая логика отделена от непосредственно движка что и позволяет делать такие выкрутасы.
Вам нужно подготовить "правильную" метку ответа так, чтобы для этого нейрона была нужное вам значение, а для остальных то что выдала сеть. Тогда при расчёте ошибки, их влияние будет 0.
Как уж это выглядит в js коде я хз.