Миграции. Каждое изменение базы данных - делаете миграцию. Никакого изменения структуры базы вручную, написали миграцию, написали up/down оной и вперед накатывать и если что откатывать. Так же первоначальный дамп базы можно сделать как первую версию. То есть база с нуля должна разворачиваться миграциями.
https://github.com/robmorgan/phinx - советую вот эту реализацию.
Так же стоит реализовывать изменения БД так, что бы новая версия не ломала старую. Не нужно просто так удалять поля из базы, или таблицы. Только если без этого вот никак. Это позволит вам потом автоматизировать и процесс деплоя с откаткой изменений, но вам придется начать думать при проектировании БД.
