а какие характеристики системы? la в 40 вслепую тяжело оценивать + посмотрите какая очередь на запись/чтение стоит. возможно, дисковая система убивает производительность. подобное было, когда развернул громадный zabbix на mysql на совсем не скоростных дисках - выстроилась громадная очередь на запись данных
[upd] iostat вывод какой?