Видал эту дискуссию.
1. ссылки не выпилят, к гадалке не ходи (
кроме того, что Вы сказали). Тем более что очень много встроенных функций принимают в качестве аргументов ссылки.
2. Такой подход позволяет сэкономить памяти и времени. Взять хотя бы функции ряда sort, ksrot… Постоянно копировать большой массив полностью было бы очень накладно, тем более, что массивы в PHP очень много места занимают.
Так же полезно бывает использовать ссылки, если необходимо, чтобы метод вернул несколько значений. Например, preg_match, возвращает true/false и можно ещё получить массив совпадений. Некоторые, придумывают свои извращения. Представим, что preg_match можно переписать, то можно было бы получить вот такую конструкцию: list($is_match, $matches) = preg_match(**), что существенно усложнит понимание интерфейса функции.
3. Дело вкуса. Но мне кажется, что использование здесь ссылки даст небольшой прирост скорости.
4. Ну… все мы используем ссылки, так как пользуемся нативными функциями PHP. И в своём коде я использую ссылки (как выяснилось в трёх местах: два метода, один foreach) и пока ни одно животное во время использования кода не пострадало.
Что касается моды, то да, в программировании есть своя мода. Те же синглтоны были некогда популярны, а сейчас они в опале. Но в случае с синглтоном есть объективные причины. А тут я объективных причин не вижу, чтобы не использовать ссылки.