К сожалению, через стандартный диалог публикации ИБ эту проблему не решить. Нужно лезть в IIS:
1. Создать пулы приложений (App pools) по количеству используемых платформ. Имена желательно выбирать осмысленные, например "AppPool 8.3.6", "AppPool 8.3.8".
2. Зарегистрировать в ISAPI Restrictions все используемые версии wsisapi.dll и разрешить их использование.
3. Для каждого приложения IIS (публикации базы) указывайте необходимую версию web-расширения и соответствующий ей пул приложений. Следите чтобы в рамках одного пула приложений работали версии расширения только одной версии.
В одном пуле одновременно держать версии 8.2 и 8.3, но не 8.3.6 и 8.3.8, и тем более 8.3.6.2100 и 8.3.6.2299. Также в пределах пула должна совпадать разрядность библиотек, 32 и 64 расширения одной версии жить вместе не будут. Но в этом случае лучше не использовать 32 битную версию, а вручную зарегистрировать в п.3 только 64 битную версию.
К сожалению, эти действия осложняют повторную публикацию базы средствами 1С - настройки п.3 будут сброшены на стандартные.