Единственный официальный способ изменить настройки контейнера - удалить и запустить новый с измененными настройками. Чтобы не терять настройки, удобнее всего записывать их в конфиги формата
compose, с которыми работает утилита
docker-compose.
Чтобы не терять данные контейнера их нужно размещать в папках, подключаемых через volume. Всё остальное будет уничтожено при переделке контейнера.