Сразу оговорюсь, что изврат дикий.
Правильно написали. Вот если бы у вас были параллельно 8.0, 8.1, 8.2 и ваши 8.3, то долбаться с настройкой двух (трех, четверых...) параллельных инстансов имело бы смысл. Но 8.3.7 и 8.3.8 - это близнецы-братья с минимальными различиями!!!
а при запуске управление торговлей (файловая) платформа 8.3.7.
Платформа 8.3.8 отлично умеет работать с файловой 8.3.7. Если я чего-то не помню (скажем при смене минорной версии какой-то служебный реквизит где-то добавился, который требует реструктуризацию базы), то переведите всех на более свежую платформу. Это намного проще, чем держать две службы IIS на разных портах.
Но если сильно нужно именно на одном сервере и именно две разные версии 1С, то можете начать рыть от этого скриншота: