Вы даже не описали что это сервер должен делать. ИМХО (я java'ист), как уже было замечено, Spring Boot отлично подходит для этих целей. За неделю вполне можно написать простенький сервер. Без Security, всяких там JMS'ов, карточных игр и девочек. Все зависит от ваших знаний и требований к продукту

Начните с этого javarush.ru. Отличный ресурс, который позволит быстро начать изучение Java с огромным колличеством практики. Не сочтите за рекламу, но этот ресурс в своё время очень мне помог, когда два года назад я задался точно таким же вопросом

Насколько я помню, Windows затирает загрузчик и не даёт загрузиться Линуксу. Поэтому всегда рекомендуют сначала установить Windows, а потом Linux, так как grub умеет запускать и Linux, и Windows. У меня самого так установлено. В Вашем случае я бы просто переустановил Windows, как обычно, на тот же диск с его вайпом, а после успешной установки, накатил grub, чтобы иметь возможность запускать Linux.

ИМХО. Что бы Вам не говорили о том, что одну ОС стоит ставить в виртуалку, нужно отказываться от Windows только при полном переходе на Linux и вообще зачем Вам это всё, от себя замечу, что у меня года два связка Windows+Linux на одном физическом диске (SSD) + файлопомойка на HDD. Все прекрасно работает. В основном живу на Linux, a Windows запускаю только поиграть раза два в год или для специфических программ (в Wine не умею :D ). Дерзайте ;)

А что тут невозможного?
- обычный файл (не директория - d, и не линк какой-то - l)
rw- текущий пользователь имеет право на чтений (r) и запись (w), но не может выполнять файл (-)
r-- пользователи из текущей группы (root) имеют право на чтений (r), но не имеют прав на запись (-) и выполнение файла (-)
r--все остальные пользователи (читай - Мир) имеют право на чтений (r), но не имеют прав на запись (-) и выполнение файла (-)
root root текущий пользователь из группы root

Команда
root@ubuntu:~# > /etc/sysctl.conf
не изменяет файл, она его - выполняет (прочитав) :)

P.S. Здесь можно почитать про запрет редактирования файлов даже пользователем root. Но ограничение довольно условное