Начните с этого javarush.ru. Отличный ресурс, который позволит быстро начать изучение Java с огромным колличеством практики. Не сочтите за рекламу, но этот ресурс в своё время очень мне помог, когда два года назад я задался точно таким же вопросом

Насколько я помню, Windows затирает загрузчик и не даёт загрузиться Линуксу. Поэтому всегда рекомендуют сначала установить Windows, а потом Linux, так как grub умеет запускать и Linux, и Windows. У меня самого так установлено. В Вашем случае я бы просто переустановил Windows, как обычно, на тот же диск с его вайпом, а после успешной установки, накатил grub, чтобы иметь возможность запускать Linux.

ИМХО. Что бы Вам не говорили о том, что одну ОС стоит ставить в виртуалку, нужно отказываться от Windows только при полном переходе на Linux и вообще зачем Вам это всё, от себя замечу, что у меня года два связка Windows+Linux на одном физическом диске (SSD) + файлопомойка на HDD. Все прекрасно работает. В основном живу на Linux, a Windows запускаю только поиграть раза два в год или для специфических программ (в Wine не умею :D ). Дерзайте ;)

А что тут невозможного?
- обычный файл (не директория - d, и не линк какой-то - l)
rw- текущий пользователь имеет право на чтений (r) и запись (w), но не может выполнять файл (-)
r-- пользователи из текущей группы (root) имеют право на чтений (r), но не имеют прав на запись (-) и выполнение файла (-)
r--все остальные пользователи (читай - Мир) имеют право на чтений (r), но не имеют прав на запись (-) и выполнение файла (-)
root root текущий пользователь из группы root

Команда
root@ubuntu:~# > /etc/sysctl.conf
не изменяет файл, она его - выполняет (прочитав) :)

P.S. Здесь можно почитать про запрет редактирования файлов даже пользователем root. Но ограничение довольно условное