Насколько я помню, Windows затирает загрузчик и не даёт загрузиться Линуксу. Поэтому всегда рекомендуют сначала установить Windows, а потом Linux, так как grub умеет запускать и Linux, и Windows. У меня самого так установлено. В Вашем случае я бы просто переустановил Windows, как обычно, на тот же диск с его вайпом, а после успешной установки, накатил grub, чтобы иметь возможность запускать Linux.
ИМХО. Что бы Вам не говорили о том, что одну ОС стоит ставить в виртуалку, нужно отказываться от Windows только при полном переходе на Linux и вообще зачем Вам это всё, от себя замечу, что у меня года два связка Windows+Linux на одном физическом диске (SSD) + файлопомойка на HDD. Все прекрасно работает. В основном живу на Linux, a Windows запускаю только поиграть раза два в год или для специфических программ (в Wine не умею :D ). Дерзайте ;)