на jquery - обходите все блоки в строке с помощью each, выбираете максимальный height(), применяете ко всем блокам в строке при помощи css('height'). для каждой строки повторить.
Если вам нужна поддержка ie6-7-8, то в любом случае ваш выбор - первая версия.
Если нет - используйте вторую. Но разницу в скорости в типовых задачах вы вряд ли ощутите.
А еще проверьте, с какой версией совместимы те плагины, которые вы собираетесь использовать.
Бутстрап для больших проектов и модульного подхода, media queries для маленьких сайтов и особо сложных случаев. Такой подход обеспечивает максимальную кроссбраузерность.
Заведите переменные или скрытые инпуты(на основной странице), куда при каждом изменении поля формы будете сохранять значения.
При вызове аякса проверяйте, есть ли что нибудь в этих переменных/инпутах. Если есть - подставляйте.
Начните все-таки не с бутстрапа, а с основ CSS и HTML. не боритесь с ним, а изучайте. почитайте про ширину, отступы, чем отличается padding от margin, чем отличаются блочные элементы от строчных и почему между последними иногда возникают пробелы, а иногда нет. и тогда вопросов типа "как сверстать ровно 3 элемента" не возникнет.
обычно да, все библиотеки вместе подгружаются в head или в конце шаблона сайта.
конечно, можно их дергать в зависимости от страницы, но такой код сложнее поддерживать, да и разница в скорости загрузки обычно совсем небольшая.