1. Apache не умеет работать под Windows. Запускаться может, но работает глючно. Про это есть описание в сети.
2. У php есть механизмы защиты по директориям. Тот же open_base_dir в сочетании с блокировкой некоторых функций. Но периодически в этом находят баги, доказывая, что за говно php.
3. Для php обычно нужен apache (как типовое решение). Это всё лучше запускать под linux.
Просто виртуализацию из-под win2003 делать — не очень эффективно. Лучше поставить на железку hyper-v, под него запилить контейнер под win2003 и контейнеры под LAMP. Возможно, в вашем случае можно вообще под каждую площадку свой контейнер с ОС поставить.