MS Office (особенно Visio) -> LibreOffice, Koffice
Skype -> Skype
Adobe PS (иногда) -> либо запускатьего же под wine, либо использовать альтернативы ввиде Gimp или Krita
C/C++ (MS VS 10), Scala, Python, Java (планирую), uTorrent, Adobe Reader, CCleaner, 7zip.
Большинство IDE позволяет работать в различных окружениях, так что тут выбор достаточно большой — Eclipse, Netbeans, продукты от JetBrain и куча других. Редакторов с подсветкой кода и плагинами тоже достаточно много.
uTorrent — Transmission, qBittorrent, KTorrent
Adobe Reader — в гноме для просмотра pdf и других форматов по умолчанию eog если мне память не изменяет, а под kde Okular.
7zip — устанавливается из репов ввиде консольной утилиты(как и другие архиваторы). В качестве фронт-энда в гноме File-roller, под кедами Ark.
CCleaner?!?!?!