Использую: MS Office (особенно Visio), Skype, Adobe PS (иногда), программирование на C/C++ (MS VS 10), Scala, Python, Java (планирую), uTorrent, Adobe Reader, CCleaner, 7zip.
Насколько я знаю аналога Visio нет в Libreoffice. Если нужен 2010 офис, то под вайном на нем визио не работает. Я использую виртуалку.
Skype под линуксом по проще, побыстрее и удобнее. Нет множественных видеоконференций. При работе с камерой возможно нужен будет хак.
Adobe PS работает под вайном по гимп по мне удобнее (чтобы это понять надо выделить область и увидеть что её можно менять без особых сложностей)
С, С++ это любые IDE которых под линуксом очень много, тут лучше погуглить и выбрать под какие задачи. можно использовать geany если нужна только подстветка и простота + скорость.
uTorrent ИМХО не так удобен как Transmission, он пошустрее проще и удобнее. Уже стоит в убунте.
Под яву Eclipse
Adobe Reader — Okular или дефолтный в убунте.
ССleaner не нужен, для анализа жесткого диска что где занято используйте Baobab
7zip, rar, tar и другие архивы убунта и так открывает.