Такие решения нужно принимать исходя из доступных ресурсов. Умеете хорошо рисовать - выбирайте 2D, умеете хорошо моделить - выбирайте 3D. Двадэшные спрайты сильно быстрее и дешевле в производстве, чем модели, но анимировать их может быть сложнее, тут зависит от технологии: скелетная анимация или спрайтовая. Кроме анимации технология влияет на скорость итерации, если, например, захотите поменять одежду персонажу, то со спрайтовой анимацией придется перерисовывать все атласы, со скелетной такого может и не быть, но всё зависит от используемых инструментов. С трёхмерными моделями в плане анимаций проще, при желании вообще можно найти готовые, но тридешность тянет за собой кучу других проблем: большая нагрузка на видеокарту, стилистические ограничения, возня с освещением и т. п. Если говорить про квесты, то часто идут на компромисс: героев моделят, а задники рисуют плоскими. Ещё иногда фоны моделят, но потом рендерят в текстуру и дорисовывают в фотошопе.
Кроме того, многое зависит от ваших стилистических предпочтений, какой-то картинки проще добиться с помощью моделей, а какую-то проще нарисовать руками. При желании, конечно, можно шейдерами и постэффектами всё изменить до неузнаваемости, но не факт, что вы захотите усложнять пайплайн рендера. Для абстрактного квеста в вакууме, я бы советовал двигать в сторону двадэшной скелетной анимации, так вы быстрее всего сможете сделать прототип, а для того, чтобы разнообразить и оживить картинку, есть много трюков, посмотрите
доклад от разрабов Broken Age.
