Исходить нужно из доступных ресурсов и желаемой стилистики. Если можете моделить и анимировать, то делайте всё трёхмерное, скорость итерации будет выше, работать с освещением будет проще, не нужно будет пересобирать атласы, меньше требования по памяти. С другой стороны, если вы умеете рисовать не хуже художников The Banner Saga, то вам выгоднее будет делать всё двухмерное. Насчёт ресурсов мобильников я бы не особо думал, в обоих случаях придётся делать тонну оптимизаций, просто с двухмерной графикой бюджет будет чуть побольше.