Если клиент не хочет чтобы хостер видел что там у него на сервере - хостер не увидит.Ну так это естественно),я как бы в курсе этого.
Банальное шифрование.
А если клиенту пофиг - ну это решение клиента. Хостеру достаточно просто загрузиться со своего носителя, или просто взять диск и прочитать все что нужно.Вот я как раз это и имел ввиду)
limit_rate 250k;
, ну попробуй вообще это убрать.