Вот так

#!/bin/bash
if ! [ $3 ];then
	precent=6
else
	precent=$3
fi
ls $1 > ls.log
while read line
do
	[ $[ $RANDOM % $precent ] == 0 ] && cp -R $1/$line $2
done < ls.log

Сохраняешь этот скрипт к примеру сюда /usr/local/bin , к примеру под именем cprandom
далее делаешь его испольняемым.
chmod +x /usr/local/bin/cprandom
далее работаешь
cprandom $1 $2 $3
где
$1 - это адрес папки с твоими файлами
$2 - адрес папки куда копировать рандомные
$3 - указать колличество цифр начиная с 0 которые участвуют в рандоме, то есть указывая 1 там всегда будет 0 и все файлы скопируются, 2 - 50 на 50, 3 , треть ну и т.п. По умолчанию стоит 6

То есть к примеру
cprandom /home/vity /tmp 20

Приятного использования))
Писал на коленке, даже не запускал ни разу, но вроде без ошибок. Если что пиши)