tcpdump udp port 53
, во втором ping ya.ru, например. Останавливаете пинг и заново запускаете его, каждый раз в консоли tcpdump после запуска пинга должна добавляться запись. Если она добавилась лишь один раз (это когда запустили пинг в первый раз), а в последующих пингах не добавляется, то у вас стоит днс-кэширющий софт (nscd, dnsmasq, bind) и его надо перезапустить или остановить вовсе на вермя проверки.
Только, косвенно. Чтобы точно знать надо разбираться strace-ом.
Проще наверное убедиться, что днс идут через прокси следующим способом: Временно отключить на своей тачке днс сервера в /etc/resolv.conf (или в /etc/network/interfaces, если там есть днс, или в GUI в используемом менеджере подключений). Потом убедиться что пинг на какой-либо ресурс выдает ошибку резолва. И попробовать свое приложение, работающее по с socks5. Если арбайтен, значит точно всё, как вы хотите.