А в чем, собственно, проблема? Всем доменам прописываем одинаковый ip, разные сервисы работают по разным портам (web — 80(443), ssh — 22, ftp — 21, и т.п.). Панели управления с веб-интерфейсом могут висеть на одном порту, средствами лайти их разбрасываем по разным «виртуалхостам» (или по uri, т.е. site.com/webmin).