если бы это была gentoo, я бы восстановил build environment и пересобрал мир.
соотвественно можно попробовать сделать нечто похожее и в бинарном дистрибутиве, сгенерировав список пакетов установленных в системе и накатить эти пакеты заного с флагом force или что-то вроде, при этом не забыв сказать, что конфиги не трогать.
это общие соображения.
частное решение будет зависеть от конкретного дистрибутива пакетного менеджера и здравого смысла.
здравый смысл заключается в том, что если не хочется потом еще в течении n-ного времени вычищать
подземные стуки, а они будут, нужно переставить систему с нуля.
