То, что вы хотите возможно двумя способами:
1. cat file | sort > file.tmp; mv file.tmp file
2. Изменение файла через perl/sed/что-там-еще-обладает-подобными-возможностями, запущенный с опцией -i (фактически они выполняют первый пункт, но вы этого не видите)
Дело в том, что после обработки первой строки она записывается в файл и все остальное содержимое затирается. И когда программа пытается считать вторую строку, ее уже попросту нету, и работа программы завершается.
Поэтому что sed, что perl считывают все во временный файл, а потом заменяют им оригинал.
Но тут, кстати, нужно быть аккуратным. Т.к. если вы будете обрабатывать sed'ом символическую ссылку, а не файл, то после обработки она превратится в файл. При больших объемах файлов это может быть неприятно.
Так нельзя сделать потому как большинство программ нормальные, и не читают сразу весь файл полностью, а используют буферы для этого, прочитал часть, отобразил, прочитал часть, отобразил.
Чтоб сделать то что Вы хотите, Вам нужно лишь найти программу (опцию) которая считывает весь файл полностью перед выводом.
Да, поглядел код, был не прав. Тем не менее: sort file -o file
такой случай успешно ловится и обрабатывается самой командой sort, так что не требуется дополнительных манипуляций со стороны пользователя.
Если часто надо, можно функцию написать: function cmdOnFile() { tf=`tempfile`; eval "cat \"$2\" | $1 > $tf"; mv $tf "$2"; }
и потом использовать например так: cmdOnFile "sort | uniq | wc -l" file
