Учитывая что BX.PopupWindowManager это обертка над BX.PopupWindow, а у него есть метод close().
Попробуйте в обработчике события вызвать this.popupWindow.close();
1. запустите проверку на изменения файлов ядра
2. сторонних модулей точно нет?
3. какие то обработчики событий есть?
4. вы редактируете из под админа?
5. содержимое таблицы b_module_to_module в студию (/bitrix/admin/perfmon_table.php?lang=ru&table_name=b_module_to_module)
1. Смарт фильтр должен работать в чпу, т.е. принимать ссылки вида site.ru/catalog/раздел_1/раздел_2/свойство_1/.../свойство_N/
2. В шаблоне catalog.element выводите св-ва в виде ссылок, адреса которых подгоняете под формат смарт-фильтра
1. Проверьте возвращаются ли эти данные в json'e в ajax'ном запросе при изменении доставки.
2. Если данные возвращаются, тогда проверьте id у инпутов, они должны быть похожи на id="soa-property-1"
Два скрипта. Первый создаёт скидку, второй выключает её. В конце каждого скрипта должен удаляться кеш (см. тегированный кеш). Скрипты вешаете на крон, один на 18:00, второй на 6:00