У меня была такае же проблема. Когда в инфоблоке много свойств (у меня более 1000), то возникает ошибка как ваша. Решается установкой max_input_vars = "100000" в php.ini
1. запустите проверку на изменения файлов ядра
2. сторонних модулей точно нет?
3. какие то обработчики событий есть?
4. вы редактируете из под админа?
5. содержимое таблицы b_module_to_module в студию (/bitrix/admin/perfmon_table.php?lang=ru&table_name=b_module_to_module)
1. Тест пройден, файлы ядра не менялись - это 100% поскольку кроме меня это не кому делать
2. Модули есть самописные, но они ни как не влияют на редактирование инфоблоков
3. Обработчики события только для модуля sale и одно на редактирование элемента инфоблока, но опять же ни как не влияет на редактирование самого инфоблока
4. Да
5. там много всего что именно нужно оттуда?