Не байткод, а машинный код.
Ну и JIT при этом всё равно будет включаться, чтобы дооптимизировать некоторые моменты и развернуть интринсики.
docker run --name mongo -v ./internalDB:/mnt/db -d mongo, и потом переносите куда надо (либо через --mount, чтоб явно видеть что происходит)
И к сожаление ничего не вышло, оно создает пустую папку в internalDB в docker и ничего не переносит