Вам не надо делать экспертизу - это проблемы истца и делаются за его счет.
До начала судебного разбирательства можете вообще ничего не делать, т.к. экспертизу назначает суд. А после экспертизы истец автоматически проиграет, потому что код не совпадет на 100%. Исходные коды ЭВМ защищаются так же как произведения литературы. Т.е. если нет дословной копии то предъявить нечего. Иначе писатели литературы постоянно судились бы. Достаточно переименовать переменные и функции и вуаля.
Вы выиграете суд т.к. по гражданскому кодексу авторские права не распространяются на идеи, концепции, принципы, методы, процессы, системы, способы, решения технических, организационных или иных задач, открытия, факты, языки программирования, геологическую информацию о недрах.