sagittelnerd, мой пример кода — это фильтр для глобального запроса. Скорее всего ваш запрос не глобальный, ищите где он происходит и смотрите какой там фильтр можно применить
Иван К, если дублирование программное, то и ID страниц могут быть одинаковыми. К тому же в мультисайте можно просто обращаться к базе данных основного первого сайта
На мультисайте можно сделать дублирование контента по городам, лучше даже на поддоменах, а не на подпапках. Вот пример, представительство в регионах внизу heidumotors.ru
zeaovede, Информации, о которой вы сейчас сообщаете в изначальном вопросе не было. Мое решение — это пример, который нужно адаптировать под свои задачи