1с отправляет данные на скрипт /bitrix/admin/1c_exchange.php
В этом файле за обновление заказов из 1с отвечает кусок кода, где вызывается компонент sale.export.1c, в котором за все это отвечает класс CSaleOrderLoader
Как кастомизировать выгрузку не трогая ядро?
1. Создаем свой класс и наследуем его от CSaleOrderLoader ну или тупо копи-пастим CSaleOrderLoader но уже своим названием, пусть будет MyOrderLoader
2. Меняем в нем логику обновления заказа из 1с (запасаемся валерьянкой и кофе, там класс на ~4000 строк)
3. Создаем папочку /local/bitrix/components/custom и копируем туда компонент sale.export.1c (да, да! в компоненте с названием export, делается импорт)
4. В файлике /local/bitrix/components/custom/sale.export.1c/component.php подменяем название класса CSaleOrderLoader на MyOrderLoader
5. Копируем /bitrix/admin/1c_exchange.php в /bitrix/admin/my_1c_exchange.php и меняем в нем вызов
bitrix:sale.export.1c на custom:sale.export.1c
6. В 1ске в модуле обмена меняем путь соответственно на /bitrix/admin/my_1c_exchange.php