Антон Костин

Хочу развиваться, а то упёрся головой в потолок

Хотелось бы увидеть стек технологий Ваших. Потому что фраза весьма абстрактная и понять что Вы реально умеете сложно.
Например как у Вас дела с: canvas, svg, less, flex, sass, js, jquery, typescript, angular? Какие css framework-и знаете? Что по поводу микроразметки? Как понимание Material Design?
Потому как потолок для html и css - это только первый этаж. Опишите подробнее свой скил, что бы можно было дать Вам совет. Пока только домыслы.

Возьмите за правило, что когда вы пишете новый функционал - всегда отводить новую ветку от основной. В основной у вас будет лежать код, который на данный момент работает на продакшене.

Тоесть, у вас есть проект. Надо реализовать новую фичу шифрования, например. Вы отводите ветку от основной
git checkout -b feature/encryption

Пишете код, тестируете, рефакторите при необходтимости. После того как фича реализована, мержите ее с основной веткой. Для небольшой команды достаточно вот этих основных команд

git clone - выкачать репозиторий
git pull – получение изменений из удаленного репозитория
git checkout - переключиться на ветку
git checkout –b - отведение новой ветки от текущей с переключением на нее
git add – добавление файлов в индекс
git commit –m ‘’ – коммит с комментарием
git push origin - пуш закоммиченных изменений в удаленный репозиторий origin
git branch –d - локальное удаление ветки
git stash save –keep-index + git stash drop – локальное удаление изменений в отслеживаемых файлах

1) Стоимость правок необходимо оговаривать заранее, как и весь порядок разработки;
2) Если вы это не обсуждали до того, как взяли предоплату, то по обычаям стоит сделать правки бесплатно;
3) Заказчик не считает макет строгим. Для него это набросок, как и для вас. Поэтому правки неизбежны;
4) Вы должны понимать и помнить, что в РФ клиенты очень капризны, скупы и не педантичны, поэтому работать сними сложно и неприятно.

Можете, читайте про apache Cordova и phonegap

Если структура остается - ничего случиться не должно.
Ключевая фраза "не должно". Как уже писали выше, сайт может просесть по самым разным причинам)
Если пользователям не понравится ваш новый десигн, сайт спокойно может потерять в позициях за счет поведенческих факторов, или вызвать шквал говн в сторону сайта (как было с кинопоиском например).
Но если дизайн хороший + становится адаптивным, то скорее будет рост посещалки, а не её проседание.