Большинство "взрослых" эмуляторов сети, типо ensp, gns3 и подобные работают поверх систем виртуализации. PacketTracer работает на своей эмуляции, поэтому немного скудноват.
Если в голом плане, то в большинстве систем виртуализации есть виртуальные коммутаторы к которым можно подключать адаптеры виртуальных и хост машин, некоторые из них умеют в назначение VLAN транков.
Имеются дистрибутивы виртуальных маршрутизаторов под x64-x86 платформы, у того же Mikrotik. Fortigate и других.
Виртуальный L2, аля 2960, можно сделать из виртуального маршрутизатора просто набросав нужное кол-во портов