так понял это была старая конфигурация при которой файлы из /etc/nginx/sites-available/ инклудились в nginx.conf
Это не "старая конфигурация", а (как уже озвучил оратор выше) - дефолтные настройки, для дистрибутивов происходных от Debian (в т.ч. Ubuntu и масса других). Конфигурация ориентирована на хостинг-провайдеров, что бы можно было удобно "отключать" сайт, а не "полностью удалять" его (или его конфиг).
Где хранить конфиги - где Вам удобно, никакого практического занчения это не имеет, но исторически/традиционно конфиги располагаются в /etc, а конфиги отдельного приложения в /etc/имя_приложения, дальнейшее их размещение - дело вкуса/опыта/здравого смысла/личных предпочтений. Лично меня, полностью устраивает вариант размещения конфигов (это тот вариант, который Вам часто встречается) принятый в Debian.
На счёт того, инклюдить ли конфиг каждого сайта в основной конфиг - абсолютно дело вкуса, если у Вас 1.5 сайта, то смысла особо заморачиваться нет и можно всё в основной конфиг вписать, если у Вас дюжина сайтов с разнами настройками - думаю, стоит вынести их настройки в отдельные файлы. А если у Вас сотня сайтов, и некоторые из них периодически надо отключать (за неуплату например) - debian-вариант конфигурации (описанный ранее) выглядит вполне привлекательно.