При такой организации я вижу следующие варианты.
1) Все "не пользовательское" вынести в подкаталог типа:
https://example.com/site/news/
https://example.com/site/images/
и тогда фильтровать нужно будет только "site"
2) То же что пункт 1, но выносить на поддомен site.example.com/news/
3) Пользователельские каталоги сделать по типу example.com/~username/ или example.com/user-username/
4) Выдать пользователям по поддомену userlogin.example.com
Выбирайте любой - все будет работать.
Взять к примеру твиттер - там на основном домене оставлено пяток страниц в корне, остальное либо в подкаталоге /i/ либо на поддоменах.