В общем примерно такая картина:
1. Ссылки на папки создаются фаром как junction и все работает сразу. Видно в проводнике и в фаре, что это ссылка. 7зип и прочие программы работают обычным образом.
2. Ссылка на файл в виде симлинка работает не очень хорошо - размер файла равен "symlink" и к примеру 7зип отказывается его паковать (размер файла 0), хотя блокнот открывает файл успешно.
3. По умолчанию фар создает для файлов хардлинк, который работает правильно (в том числе для того-же 7зип), но никак не отображается цветом. Зато в третьем фаре в списке подсветки появляется пункт "подсветить, где количество хардлинков больше 1". Этого, в общем-то, достаточно для того, что мне нужно, во всяком случае я точно знаю, что файл с хардлинками, а оригинал от ссылки отличается по месторасположению.