А этот файл формирует бекенд? То, что это происходит ночью наталкивает на мысль бэкапах либо других видах сервисных работ. У вас VDS/VPS?
Предлагают добавить такой формат лога в основной конфиг:
log_format with_time '$remote_addr - $remote_user [$time_local] "$request" '
'$status $body_bytes_sent "$http_referer" '
'"$http_user_agent" "$http_x_forwarded_for" rqt=$request_time urst=$upstream_response_time';
В конфиге сервера задается:
access_log /путь_до_файла_лога/access.log with_time;
Это позволит видеть время забора клиентом ответа (большое значение - проблема с клиентом/сетью до клиента) и время ответа бэка (большое значение - проблемы на беке). В зависимости от результатов нужно дальше думать куда двигаться.