Откровенно говоря, не совсем понятно чего Вы хотите добиться... Вернее, в чем именно проблема?
При POST запросе первым делом удалять все данные по id студенту/предмету и потом записывать данные с запроса (получается 2 операции). В таком случае при неудачной записи данных, можно потерять все предыдущие данных об оценках, я думаю.
Что бы ничего не потерялось "при записи" - есть "транзакции" (рекомендую с ними ознакомиться", но вкратце, суть такая - что либо операция будет выполнена полностью, либо она не будет выполнена вообще, т.е. произойдёт "откат" до того состояния, в котором данные были до начала транзакции).
Заранее создать "пустые" записи без оценок в таблице для каждой даты с 1/09 по 31/05 (учебный год, 270 дней где-то). Но возникает проблема с оптимальностью использования БД, думаю пустых ячеек с оценками не должно быть.
Я думаю так же (что пустых записей [про какие ячейки идёт речь - я пока не понял]) - быть не должно. Ещё я думаю, что плодить колонки в БД - тоже плохое решение, если в них нет реальной необходимости. MySQL (как и многие другие) поддерживает механизм "реляций" (по русски - "связей"), то есть позволяет связывать одни данные с другими и контролировать целостность (корректность) таких связей. То есть, Вы можете связать воедино многомерную модель данных, например студента, предмет, преподавателя, дату, оценку и так далее, при том, что предметы хранятся в одной таблице, преподаватели в другой, оценки с датами в третьей (и т.д.) а их совокупности - в N'ой (в данном случае, в 4-ой) таблице.
Как уже верно заметил г-н.
TheLostRoot, не стоит ориентироваться на кол-во операций, Вы пытаетесь оптимизировать что-то, но не с той стороны. Если у Вас много данных которые вставляются (хранятся), но доступ к ним осуществляется редко - есть специальные
архивные таблицы, если Вам не нужен контроль целостности, связи, транзакции и т.д., а нужна скорость - есть MyISAM таблицы, если у Вас сервер не выдерживает нагрузку - есть такая штука как "мониторинг ресурсов" с целью выявления узких в его производительности, есть репликация и так далее.
Оптимизируют обычно сложные запросы, в которых участвует множество таблиц/данных, а не простые INSERT/UPDATE/DELETE'ы. Проблема не в количестве операций как таковом (к тому же, при DELETE - физически данные с диска не удаляются, а отмечаются как "удаленные" [в MySQL и не только]), а в их "сложности" и производительности. Иными словами, не пытайтесь решить проблемы подобного рода "заранее", т.к. они возможно не настанут вообще никогда, гораздо разумнее правильно спроектировать БД, чем "нагородить огород" и "сэкономить 1 (условную) операцию". Ну и не забывайте про то, что InnoDB и его аналоги (а так же некоторые другие типы таблиц в MySQL) поддерживают
транзакции.
P.S. По возможности, всегда передавайте те данные, которые реально изменились, а не всё подряд. Например, данные о добавлении/изменении/удалении какой-то оценки, это сократит и бесполезную нагрузку на БД и позволит избежать "странных" ошибок в будущем (исключения конечно тоже бывают, но это не Ваш случай).
