Dark Hole

var elem = document.getElementsById('menu-item');
elem.onclick = function(e){
e.target.className += ' selected';
Либо
e.target.styles.border = '3px';
}

1. Если вам уж так приспичило обработать какой-то файл из браузера, то придется сначала загрузить на сервер, там обработать, а потом скачать.
   
2. Если вам нужно обработать какой-нибудь файл JS просто для себя и друзей, то подойдет Node.js\io.js, но их отдельно нужно учить
   

в фронтенд значит учить js

$(document).ready(function(){
if($('#top-menu li').hasClass('cms_tree_current')){
    $(window).scrollTop($('#content').offset().top);
  }
});