Сева

\r это возврат каретки, а не перенос строки.

1. Вы точно хотите удалить именно \r, а не \n ?

2. Попробуйте перед "for LINE in `cat ci.txt`;" выполнить:
dos2unix cat ci.txt

3. Можно "if [ -d `$LINE | sed 's/\\r//g'` ];" заменить на

$LINE=`echo "$LINE" | tr -d "\r"`
if [ -d $LINE ];

тыц
Тут есть половина решения.

Почти каждая сылка вам подойдет, так или иначе прицип одинаковый

почитайте про slot

если пишете не для самообучения, есть vuetable2 офигенская вещь, гибкая. там и пример слотов есть для кнопок и т.п.

function myFunc (obj){
obj.parentElement.style.display = 'none';
}

Не надо отслеживать изменения, вешайте событие на родительский элемент, что статичен.
Для примера:

$('body').on('click', '.comment .like', function(){ ... });

суть в том, чтобы через http не иметь доступа к ней, а только через скрипты

Я подобный функционал делаю с помощью jquery и плагина thickbox . Валидацию тоже делаю на jquery+ajax и в случае ошибки показываю эту ошибку прямо в модальном окне. В случае успеха делаю перенаправление на нужную php-страницу. Плагин позволяет подгружать и подгружать данные в одно модальное окно, см. пример по ссылке.