Дмитрий Шицков

Вопрос не понятен. Вы используете Electron-like библиотеку для рендера HTML/JS GUI в движке-браузера, но не хотите браузер. Любая подобная библиотека зависит от браузера.
Если вам нужен GUI, независящий от браузера - не используйте такие бибилиотеки. Используйте tkinter, pyqt,... npyscreen, Urwid.

приложение может разворачиваться под разной версией одного файла у каждого, чья ветка 3,4,5...

Т.е. это, по сути, конфигурационный файл и он не должен присутствовать в репозитории.

удалить этот коммит из удаленного репозитория и просто не пушить его в дальнейшем, добавив в гит-игнор

Думаю, наилучший вариант. Не следует пушить то, что потом будет мешать сливаться с основной веткой. Удалять коммит из удаленного репозитория не всегда лучший способ, предпочтительнее сделать Revert коммита с пометкой почему он убирается.

Как вариант.

1. DeltaCopy на Windows и rsync на linux чтобы копировать только изменившиеся.
   
2. Использовать на linux ФС с поддержкой снепшотов – например ZFS или btrfs
   
3. По расписанию с linux выполнять скрипт, делающий снепшот / удаляющий устаревшие снепшоты, затем запускать синхронизацию с windows.
   

P.S. Еще такая есть FS, делает ровно что надо – версионирует все что в нее пишется. Но я не рискнул бы ее использовать https://ru.wikipedia.org/wiki/NILFS

Mikrotik не может выполнять функции реверс-прокси, поэтому только его фунционалом это сделать невозможно.
Необходима установка сервера за Микротиком, выполняющего роль реверс-прокси (nginx/haproxy/что-то еще).

Хороший универ - не трата времени, а именно хороший фундамент. Явно курса будет недостаточно для получения достаточных знаний. Качество курсов так же под вопросом. Контроля за тем насколько усвоены знания по курсы так же не будет.