Александр: Так же советую включить slow-log и посмотреть нет ли каких-то медленных запросов, так же стоит проверить нет ли в базе объектов большого размера.
А как вы хотите с TTL=1 дойти до хоста за шлюзом? Шлюз декрементит TTL до 0 и дальше пакет не пойдёт т.к. время его жизни истекло. TTL определяет максимальное количество хостов МЕЖДУ source и destination хостами.
По поводу потерь пакетов в трассировке смотрите политики/логи на шлюзе, возможно просто кабель плохо обжат, или коннектор не до конца воткнут, а может аппаратная/программная проблема оборудования (как компьютера, так и шлюза).