Потому что, когда ставишь вторую ось - она добавляет свою запись в первоначальный загрузчик, обычно. Но может и не добавить, а переписать загрузчик на свой - зависит от ОС, конфигурации дисков, метода загрузки, настроек и особенностей материнской платы, а так же, вероятно, от погоды в южном полушарии Марса. Так что при миграции на новую ОС общая рекомендация такая: отключить все диски и оставить только тот, на который надо её поставить, а на самом диске удалить все разделы. Если удалить все разделы нельзя - оставить пустое место в начале диска для системы, но риск все потерять все равно остается. И далее ставить новую ОС. После установки уже можно подключить все остальные диски и в биосе выставить загрузку с нужного диска. Если хочется иметь удобное загрузочное меню без биоса: лучшим вариантом будет отдельный загрузчик, раньше я юзал Acronis OS Selector и каждую ОС ставил со своим загрузчиком - т.е., диски с ОС самодостаточны и не зависят от других. Не знаю как он сейчас, но вроде его засунули в Acronis Disk Director. И еще удобный вариант: после установки ОС надо в её загрузчик вручную добавить записи о других ОС и в загрузчиках других ОС тоже самое сделать. Таким образом будет и возможность выбора с какого диска грузиться в БИОСе, и в загрузчике, а так же будет страховка на случай поломки ОС/загрузчика. В любом случае, надо ставить ОС так, чтобы её загрузка не зависла от других ОС и дисков.
