Vindicar

['a', 1, 2, 'c']
После того как ты удалил 1, 2 встанет на его место. Но этот элемент уже был обработан, и цикл пойдёт дальше, к 'c'.
Если тебе нужно удалять элементы из списка в процессе итерации, итерируйся начиная с конца. Тогда будет меняться только позиция уже обработанных элементов.
И делай итерацию не напрямую по списку, а по индексу.

Документацию читал?
Guild.members содержит полный список пользователей сервера, просто пройдись по нему и выбери тех, у кого Member.status будет такой, какой нужно тебе.

Если j == __COLS - 1, но i < __ROWS - 1, то ты попытаешься обратиться к элементу a[i][__COLS - 1 + 1], т.е. a[i][__COLS]. Я полагаю, в этом и дело.
Не знаю насчёт Java, но в C++ вполне возможно, что у тебя строки матрицы лежат в памяти подряд, так что ты фактически нечаянно обращаешься к a[i+1][0], тем самым корректно "склеивая" строки.

Это вопрос сцепления классов.
Если ты внесешь это в метод класса, то теперь класс должен знать о коллекции humans, и, что ещё хуже, об информации в объекте settings. Нужно ли ему это знание для выполнения своих основных обязанностей? Если нет, делать эту операцию методом класса не имеет особого смысла.
И я бы сказал, это слишком тривиально, чтобы вытаскивать в метод.

Можно сделать обобщённое решение. Описываешь функцию преобразования, которая имя файла превращает в относительный путь к файлу.

from os import path

def get_folder(fname: str) -> str:
    ... # тут будет код

base_folder = r'C:\тут\корневой\каталог\куда\складывать\файлы'
for file in files: #перебираешь список файлов, у тебя этот код уже есть
    subpath = get_folder(path.basename(file))
    if subpath is None: # если функция вернула None, игнорируем файл
        continue
    source_path = path.abspath(file)
    target_path = path.join(base_folder, subpath)
    # и переносишь/копируешь файл из source_path в target_path

Хорошо, а как реализовать get_folder()?
Описываешь имя файла регуляркой, например, такого вида:\w+?(?P<Num>\d+)\.(?P<Ext>\w+)
Как видим, эта регулярка содержит две именованных захватываемых группы - цифры перед точкой Num, и расширение Ext.
Если тебе хватит точного совпадения, и не требуется делать что-то вида "файлы с цифрами 000-100 в папку 100", то реализация будет примерно такая:

import re
NAME = re.compile(r'\w+?(?P<Num>\d+)\.(?P<Ext>\w+)', re.I)
TYPES = { #сортировка по типам
    'aac': 'AUDIO',
    'mp4': 'VIDEO',
    'jpg': 'IMAGES',
    None: 'MISC', #всё остальное
}

def get_folder(fname: str) -> str:
    m = NAME.match(fname) #пусть имя файла anything100.jpg
    if m is None: #имя файла не по шаблону - непонятно что делать с файлом
        return None # или говорим "не трогай файл"
        #return f'{TYPES[None]}/{fname}' # или кидаем в папку для неразобранного
    data = m.groupdict() # data = { 'Num': '100', 'Ext': 'jpg' }
    data['File'] = fname # data = { 'Num': '100', 'Ext': 'jpg', 'File': 'anything100.jpg' }
    data['Type'] = TYPES.get(data['Ext'].lower(), TYPES[None]) # data = { 'Num': '100', 'Ext': 'jpg', 'File': 'anything100.jpg' , 'Type': 'IMAGES' }
    return '{Type}/{Type}{Num}/{File}'.format(**data) # IMAGES/IMAGES100/anything100.jpg

Дальше подгонишь как тебе надо, меняя реализацию get_folder().

Боюсь, совет тут будет "поучиться программированию и работе с базами данных в целом". Вот кроме шуток.
1. Зачем проходиться по базе циклом, если можно написать простейшей SELECT с фильтрацией блоком WHERE?
2. Зачем объявлять бота и обработчик событий внутри этого цикла? У вас выживет только последняя копия для последней строки.

Короче, итоговый код должен иметь приблизительно такой вид:

@bot.message_handler()  
def start(message):
    cursor = connection.cursor()
    row = cursor.execute('SELECT фамилия FROM OPCFIO WHERE имя = %s LIMIT 1', (message.text,) ).fetchone()
    if row is None:
        # не нашли фамилию, реакцию на это пропиши сам
    else:
        last_name = row[0] # нашли, она лежит в last_name, делаем с ней что нужно

И НИКАКОГО ЦИКЛА ПО ВСЕЙ БД.

В общем и целом решения нет, так как отличить движение объекта от эффекта параллакса затруднительно, да и опираться на координаты тоже будет проблематично.
Ты можешь поэкспериментировать с оптическим потоком, чтобы попытаться понять, в каком направлении сместилась камера, и пытаться либо произвести контр-смещение кадра перед использованием mean of gaussians, либо отсеивать объекты, у которых величина собственного смещения слишком близка к найденному движению камеры (со знаком минус). Первое реально работает только при съёмке с рук стоящего человека, т.е. когда смещения сравнительно малы. Если нужно ловить движение, когда камера тоже движется в одном направлении, шансов очень мало.
Так или иначе, тебе наверняка придётся самому реализовывать тот или иной алгоритм background subtraction, чтобы иметь возможность вмешаться в его работу для компенсации движения.

Встречные вопросы:
1. Велика ли инициализация при запуске? Если нужно выполнять много стартовых операций, причём дорогих, то может иметь смысл запустить и спать.
2. Срабатывание строго по времени или может требоваться мониторить другие события? Если абсолютно точно первое, то можно крон. Если возможно второе (и речь не о "пользователь сам вызвал программу"), то лучше демон.
3. Есть ли зависимости, т.е. другое ПО которое должно быть запущено к моменту срабатывания? Если да, systemd может их разрулить, ЕМНИП.