Vindicar

Что-то мне подсказывает, что вместо email нужно указывать адрес SMTP сервера.

1. На момент вызова конструктора Thread переменная conn ещё не существует. Тебе нужно создавать поток тогда, когда она уже получила значение.
2. Не вызывай метод run(). Он будет вызван сам, в отдельном потоке. Для запуска этого потока нужно вызвать start(). И имей ввиду, что у тебя send() отрабатывает однажды, и останавливается.

Я бы посоветовал попрактиковаться в работе с потоками, для начала.

Это несложно, на самом деле.
Когда ты делаешь import module_name, Питон ищет либо файл module_name.py, либо пакет module_name. Про пакеты пока говорить не будем. Если такой файл нашелся, и он ещё не был импортирован, то он выполняется в контексте импортирующего скрипта. При этом получается объект-модуль, и ссылка на него помещается в переменную module_name в импортирующем скрипте.
Пример:

# a.py
def somefunc():
    print('Hi!')

print('a is executed')

# b.py
import a  # >>> a is executed
a.somefunc()  # >>> Hi!

Имя, под которым импортируется модуль, помещается в переменную __name__. Изменим код так:

# a.py
def somefunc():
    print('Hi!')

print(__name__, 'is executed')

# b.py
import a  # >>> a is executed
a.somefunc()  # >>> Hi!
print('And I am', __name__)  # >>> And I am __main__

Таким образом, мы видим, что для исполняемого скрипта переменная __name__ содержит строку "__main__", а импортируемые скрипты увидят в ней только своё имя. Причем неважно, если ты переименуешь модуль:

# a.py
def somefunc():
    print('Hi!')

print(__name__, 'is executed')

# b.py
# импортируем модуль и переименовываем его
import a as d  # >>> a is executed
d.somefunc()  # >>> Hi!
print('And I am', __name__)  # >>> And I am __main__

Именно эта особенность и позволяет писать код, который выполнится только если питон-скрипт выполняется непосредственно.

# a.py
# Этот код выполнится в любом случае
def somefunc():
    print('Hi!')

if __name__ == '__main__':
    # этот код выполнится только если a выполняется непосредственно
    print(__name__, 'is executed') # Всегда выведет __main__ is executed
else:
    # а этот код выполнится только если a импортируется в другой модуль
    print('Imported as', __name__)
# b.py
import a  # >>> Imported as a
a.somefunc()  # >>> Hi!
print('And I am', __name__)  # >>> And I am __main__

['a', 1, 2, 'c']
После того как ты удалил 1, 2 встанет на его место. Но этот элемент уже был обработан, и цикл пойдёт дальше, к 'c'.
Если тебе нужно удалять элементы из списка в процессе итерации, итерируйся начиная с конца. Тогда будет меняться только позиция уже обработанных элементов.
И делай итерацию не напрямую по списку, а по индексу.

Документацию читал?
Guild.members содержит полный список пользователей сервера, просто пройдись по нему и выбери тех, у кого Member.status будет такой, какой нужно тебе.

Если j == __COLS - 1, но i < __ROWS - 1, то ты попытаешься обратиться к элементу a[i][__COLS - 1 + 1], т.е. a[i][__COLS]. Я полагаю, в этом и дело.
Не знаю насчёт Java, но в C++ вполне возможно, что у тебя строки матрицы лежат в памяти подряд, так что ты фактически нечаянно обращаешься к a[i+1][0], тем самым корректно "склеивая" строки.

Это вопрос сцепления классов.
Если ты внесешь это в метод класса, то теперь класс должен знать о коллекции humans, и, что ещё хуже, об информации в объекте settings. Нужно ли ему это знание для выполнения своих основных обязанностей? Если нет, делать эту операцию методом класса не имеет особого смысла.
И я бы сказал, это слишком тривиально, чтобы вытаскивать в метод.

Можно сделать обобщённое решение. Описываешь функцию преобразования, которая имя файла превращает в относительный путь к файлу.

from os import path

def get_folder(fname: str) -> str:
    ... # тут будет код

base_folder = r'C:\тут\корневой\каталог\куда\складывать\файлы'
for file in files: #перебираешь список файлов, у тебя этот код уже есть
    subpath = get_folder(path.basename(file))
    if subpath is None: # если функция вернула None, игнорируем файл
        continue
    source_path = path.abspath(file)
    target_path = path.join(base_folder, subpath)
    # и переносишь/копируешь файл из source_path в target_path

Хорошо, а как реализовать get_folder()?
Описываешь имя файла регуляркой, например, такого вида:\w+?(?P<Num>\d+)\.(?P<Ext>\w+)
Как видим, эта регулярка содержит две именованных захватываемых группы - цифры перед точкой Num, и расширение Ext.
Если тебе хватит точного совпадения, и не требуется делать что-то вида "файлы с цифрами 000-100 в папку 100", то реализация будет примерно такая:

import re
NAME = re.compile(r'\w+?(?P<Num>\d+)\.(?P<Ext>\w+)', re.I)
TYPES = { #сортировка по типам
    'aac': 'AUDIO',
    'mp4': 'VIDEO',
    'jpg': 'IMAGES',
    None: 'MISC', #всё остальное
}

def get_folder(fname: str) -> str:
    m = NAME.match(fname) #пусть имя файла anything100.jpg
    if m is None: #имя файла не по шаблону - непонятно что делать с файлом
        return None # или говорим "не трогай файл"
        #return f'{TYPES[None]}/{fname}' # или кидаем в папку для неразобранного
    data = m.groupdict() # data = { 'Num': '100', 'Ext': 'jpg' }
    data['File'] = fname # data = { 'Num': '100', 'Ext': 'jpg', 'File': 'anything100.jpg' }
    data['Type'] = TYPES.get(data['Ext'].lower(), TYPES[None]) # data = { 'Num': '100', 'Ext': 'jpg', 'File': 'anything100.jpg' , 'Type': 'IMAGES' }
    return '{Type}/{Type}{Num}/{File}'.format(**data) # IMAGES/IMAGES100/anything100.jpg

Дальше подгонишь как тебе надо, меняя реализацию get_folder().

Боюсь, совет тут будет "поучиться программированию и работе с базами данных в целом". Вот кроме шуток.
1. Зачем проходиться по базе циклом, если можно написать простейшей SELECT с фильтрацией блоком WHERE?
2. Зачем объявлять бота и обработчик событий внутри этого цикла? У вас выживет только последняя копия для последней строки.

Короче, итоговый код должен иметь приблизительно такой вид:

@bot.message_handler()  
def start(message):
    cursor = connection.cursor()
    row = cursor.execute('SELECT фамилия FROM OPCFIO WHERE имя = %s LIMIT 1', (message.text,) ).fetchone()
    if row is None:
        # не нашли фамилию, реакцию на это пропиши сам
    else:
        last_name = row[0] # нашли, она лежит в last_name, делаем с ней что нужно

И НИКАКОГО ЦИКЛА ПО ВСЕЙ БД.