Как уже было сказано выше запускайте раздельно.
как тут передать информацию от сервера к боту?
Используйте requests, он позволяет отправлять запрос по нужному адресу и получать ответ.
Пример с fakeapi (рандомные данные)
import requests
response = requests.get('https://jsonplaceholder.typicode.com/todos/',) # послать запрос (get/post...) и записать полученный ответ в response
try:
response_json = response.json() # получить json-данные из ответа
for todo in response_json:
print(todo)
except:
print(response)
Со стороны фласка - принимайте данные запроса, обрабатывайте и отдавайте ответ в виде json`а.