Часто замечаю, что в ajax запросах используют json для подгрузки страницы
Людям просто лень думать, и действуют по привычке.
Если нужно просто загрузить с сервера кусок html и вставить в страницу, то оборачивать все это дело в JSON не имеет никакого смысла.
Грузим сайт в phantomjs.org или аналогах и смотрим на своем сервере, был ли к нам запрос с определенным идентификатором, который должен быть разным для каждого сайта, которому отдаем код на вставку.
Как вариант собрать bat/sh скрипт запускающий gulp в текущей рабочей директории.
Сам конфиг с модулями при этом может валяться где угодно, главное использовать в конфиге пути относительно текущей рабочей директории.
Полученный скрипт прописать в %PATH% чтобы он был доступен в любой директории.
Ну если мест для вставки только одно, то проще разбить index.html на 2 файла, до ключевого слова и после.
После чего вывести эти файлы в результирующий в перемешку с нужным кодом