Начну с конца:
Есть официальная документация по установке Proxmox на Debian. Инфа про Proxmox 4 ещё актуальна.
Лучше держать бекапы на отдельной машине (в случае если умрёт материнка вам придёся переставлять диски в другую машину и т.д.)
Я бы сделал Raid10 4x2Tb под виртуалки, а остальное место в Raid1 под систему (и, возможно, бекапы)