Дмитрий

Сделайте и сохраните отдельно бекап конфига. Обновитесь in-place или сделайте отдельно флешку с новой системой. Обратите внимание!, что в 12 версии уже не рекомендуют использовать флешку как системный диск. Если диски с данными не переформатировать и не обновлять zpool, то с данными ничего не должно случиться. Но всё равно, перед такими операциями рекомендуется делать бекап.

upd:
Поиграться/потестировать можно на виртуалке, зачем это делать на боевой системе? Там же можете спланировать/протестировать процесс обновления.

Отступы. Включите линейки - на них будут настройки отступов в графическом виде.

Z-чипсет стоит брать только если вы собираетесь заниматься разгоном. Иначе не целесообразно.

А там нет 2 nvme.

- 1 x pазъем Ultra M.2 (M2_1), поддерживает устройства M Key 2242/2260/2280 M.2 PCIe до уровня Gen3 x4 (32 Гб/с) (с процессором Matisse, Picasso, Summit Ridge, Raven Ridge и Pinnacle Ridge) или до уровня Gen3 x2 (16 Гбит/с) (с процессорами Athlon и Raven Ridge 2)**
- 1 x pазъем M.2 (M2_2), поддерживает устройства M Key 2230/2242/2260/2280 M.2 SATA3 6.0 Гб/с

Если и hdd не видит, то проверьте это:

Разъёмы M2_2 и SATA3_3 имеют общие линии. При использовании одного из них второй отключается

По мануалу должно быть 5 кулеров +1 на бп. Если хоть одного не хватает, то все остальные переводятся на максимальные обороты. Выход - купить и установить недостающие кулеры.