Доки по настройке с самоподписанными сертификатами пробовали читать? https://docs.gitlab.com/runner/configuration/tls-s...
Кратко - окружение докер, где вы запускаете runner - должно доверять CA, выпустившему сертификат gitlab или окружению нужно передать опцию пропуска проверки сертификатов\приема любых сертификатов.
Нужно добавить переменные в переменные проекта в gitlab, затем объявить из в gitlab-ci и подставить в скрипт.
Так как вы не написали, что делаете, то понять, что делаете не так - затруднительно.
Создать репозиторий на gitlab, изучить как работает git и сделать (в общем и целом - создать коммит изменений и сделать push данных в репозиторий).
Есть консольные утилиты, есть графические.
1. Корневой сертификат нужно установить в Доверенные корневые центры сертификации в ОС (если конечно админ вам правильный выдал)
2. Для входа нужно на сайте в своем профиле сгенерировать Access Token и использовать его, а не пароль.