Не могу представить внятной причины, в которой звучит слово "отдельно". Типа отказоустойчивость если только.
А так - нет никакой разницы - где и что будет лежать - если это работает как надо, стабильно и все устраивает по цене, функционалу и т.п.
Если под проблемами у master host вы подразумеваете какие-то технические проблемы, но файловый хостинг (видимо так вы называете просто хостинг) остается у них - даже в случае наличия dns в другом месте ваш сайт будет недоступен.