Если на хостинге достаточно места для архивирования, то архивом быстрей. Иначе SCP.
А лучше обратитесь к специалисту. Похоже работа не по вашему профилю.
Как правило при прочих равных на виртуальном хостинге у вас будет бльше ресурсов.
Да и настроен сервер будет специалистами.
Всё зависит на каком уровне закручены для вас ресурсы.
Любую из этих услуг надо тестировать. Иначе никак.
Пароль на биос и зашифровать диски.
Проблемы с ребутом могут быть. Без вашего участия сервер не поднимется.
Для удаленного доступа понадобится IP-KVM или Intel vPRO или AMD Dash.
Нормальный процессор и диски.
Нормальная ОС (Сentos 6 устарела) и PHP в режиме FastCGI или модуь PHP mpm-itk
Оптимизация сервера MySQL так же не помешает.
Я бы форматнул это недоразумение и настроил с нуля.