Проще всего с CMS перепрыгнуть на Laravel/Lumen. Само собой должны быть хорошие знания PHP. Админку лучше самому написать.
Если с этим проблема, то Modx. Админка имеется.
Попробуйте перелогиниться. Возможно .bash_profile не запускается автоматически. Это вопрос к хостеру.
Обычно алиасы хранят в ~/.bash_aliases
В ~/.bashrc
if [ -e $HOME/.bash_aliases ]; then
source $HOME/.bash_aliases
fi
